接下来是为期三年的哲学课程包括逻辑学、倫理学，为了提高学生逻辑推理能力和演讲口才，学校组织学生们每个月都参加辩论会，利玛窦就是学校辩论会的尖子生之一。这为后来利玛窦演讲交友、舌战护教打下了基础。