衣藻的性别由mating-type locus (mt) 决定，存在两种交配型：plus与minus。MT是基因组中一段375 kb (mt+) 或211 kb (mt–) 的复杂序列，在两种交配型之间重排。此前的研究表明，重排序列对该区域的重组抑制有所贡献，但并不充分，同时两者之间的因果关系也尚不明晰。